Table 3 Open in new tab Hallmark gene...

Geneset

Sil.(mean)

Sil.(stdev)

Sig. subsets

PROTEIN_SECRETION

0.09

0.12

1/5

ALLOGRAFT_REJECTION

0.10

0.09

4/12

UNFOLDED_PROTEIN_RESPONSE

0.10

0.03

1/6

INTERFERON_GAMMA_RESPONSE

0.12

0.08

1/12

ESTROGEN_RESPONSE_EARLY

0.13

0.09

4/12

REACTIVE_OXYGEN_SPECIES_PATHWAY

0.14

0.11

0/2

INTERFERON_ALPHA_RESPONSE

0.15

0.06

0/5

OXIDATIVE_PHOSPHORYLATION

0.15

0.07

0/11

MYC_TARGETS_V1

0.15

0.07

0/12

ANDROGEN_RESPONSE

0.15

0.10

1/6

PEROXISOME

0.15

0.10

1/6

PANCREAS_BETA_CELLS

0.16

0.02

0/2

PI3K_AKT_MTOR_SIGNALING

0.18

0.11

0/6

ESTROGEN_RESPONSE_LATE

0.18

0.10

0/12

COMPLEMENT

0.20

0.10

1/12

MTORC1_SIGNALING

0.20

0.12

1/12

TGF_BETA_SIGNALING

0.20

0.06

0/3

APOPTOSIS

0.22

0.09

0/9

KRAS_SIGNALING_DN

0.22

0.09

0/12

UV_RESPONSE_UP

0.22

0.11

1/9

HEME_METABOLISM

0.22

0.08

0/11

IL6_JAK_STAT3_SIGNALING

0.23

0.08

0/5

P53_PATHWAY

0.23

0.07

0/11

ANGIOGENESIS

0.23

0.05

0/2

MYC_TARGETS_V2

0.23

0.11

0/3

INFLAMMATORY_RESPONSE

0.24

0.09

0/12

XENOBIOTIC_METABOLISM

0.25

0.08

1/12

DNA_REPAIR

0.26

0.06

0/9

EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION

0.26

0.10

1/12

BILE_ACID_METABOLISM

0.27

0.17

4/7

HYPOXIA

0.27

0.07

0/11

TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB

0.28

0.08

1/12

APICAL_SURFACE

0.28

0.08

0/2

COAGULATION

0.29

0.06

0/8

GLYCOLYSIS

0.29

0.10

0/12

APICAL_JUNCTION

0.29

0.06

1/11

MYOGENESIS

0.29

0.09

1/12

FATTY_ACID_METABOLISM

0.29

0.11

1/9

ADIPOGENESIS

0.30

0.06

0/12

IL2_STAT5_SIGNALING

0.30

0.08

1/12

CHOLESTEROL_HOMEOSTASIS

0.30

0.09

1/4

KRAS_SIGNALING_UP

0.31

0.12

3/11

NOTCH_SIGNALING

0.33

0.12

1/2

WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING

0.33

0.05

0/2

UV_RESPONSE_DN

0.33

0.08

2/8

HEDGEHOG_SIGNALING

0.34

0.00

0/2

SPERMATOGENESIS

0.35

0.11

4/8

G2M_CHECKPOINT

0.36

0.13

5/11

E2F_TARGETS

0.39

0.12

8/12

MITOTIC_SPINDLE

0.40

0.09

8/12

Table 3

Open in new tab

Hallmark gene subsets (n=16) with significant tumor versus normal sample clustering potential

Geneset	Sil.(mean)	Sil.(stdev)	Sig. subsets
PROTEIN_SECRETION	0.09	0.12	1/5
ALLOGRAFT_REJECTION	0.10	0.09	4/12
UNFOLDED_PROTEIN_RESPONSE	0.10	0.03	1/6
INTERFERON_GAMMA_RESPONSE	0.12	0.08	1/12
ESTROGEN_RESPONSE_EARLY	0.13	0.09	4/12
REACTIVE_OXYGEN_SPECIES_PATHWAY	0.14	0.11	0/2
INTERFERON_ALPHA_RESPONSE	0.15	0.06	0/5
OXIDATIVE_PHOSPHORYLATION	0.15	0.07	0/11
MYC_TARGETS_V1	0.15	0.07	0/12
ANDROGEN_RESPONSE	0.15	0.10	1/6
PEROXISOME	0.15	0.10	1/6
PANCREAS_BETA_CELLS	0.16	0.02	0/2
PI3K_AKT_MTOR_SIGNALING	0.18	0.11	0/6
ESTROGEN_RESPONSE_LATE	0.18	0.10	0/12
COMPLEMENT	0.20	0.10	1/12
MTORC1_SIGNALING	0.20	0.12	1/12
TGF_BETA_SIGNALING	0.20	0.06	0/3
APOPTOSIS	0.22	0.09	0/9
KRAS_SIGNALING_DN	0.22	0.09	0/12
UV_RESPONSE_UP	0.22	0.11	1/9
HEME_METABOLISM	0.22	0.08	0/11
IL6_JAK_STAT3_SIGNALING	0.23	0.08	0/5
P53_PATHWAY	0.23	0.07	0/11
ANGIOGENESIS	0.23	0.05	0/2
MYC_TARGETS_V2	0.23	0.11	0/3
INFLAMMATORY_RESPONSE	0.24	0.09	0/12
XENOBIOTIC_METABOLISM	0.25	0.08	1/12
DNA_REPAIR	0.26	0.06	0/9
EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION	0.26	0.10	1/12
BILE_ACID_METABOLISM	0.27	0.17	4/7
HYPOXIA	0.27	0.07	0/11
TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB	0.28	0.08	1/12
APICAL_SURFACE	0.28	0.08	0/2
COAGULATION	0.29	0.06	0/8
GLYCOLYSIS	0.29	0.10	0/12
APICAL_JUNCTION	0.29	0.06	1/11
MYOGENESIS	0.29	0.09	1/12
FATTY_ACID_METABOLISM	0.29	0.11	1/9
ADIPOGENESIS	0.30	0.06	0/12
IL2_STAT5_SIGNALING	0.30	0.08	1/12
CHOLESTEROL_HOMEOSTASIS	0.30	0.09	1/4
KRAS_SIGNALING_UP	0.31	0.12	3/11
NOTCH_SIGNALING	0.33	0.12	1/2
WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING	0.33	0.05	0/2
UV_RESPONSE_DN	0.33	0.08	2/8
HEDGEHOG_SIGNALING	0.34	0.00	0/2
SPERMATOGENESIS	0.35	0.11	4/8
G2M_CHECKPOINT	0.36	0.13	5/11
E2F_TARGETS	0.39	0.12	8/12
MITOTIC_SPINDLE	0.40	0.09	8/12

Geneset	Sil.(mean)	Sil.(stdev)	Sig. subsets
PROTEIN_SECRETION	0.09	0.12	1/5
ALLOGRAFT_REJECTION	0.10	0.09	4/12
UNFOLDED_PROTEIN_RESPONSE	0.10	0.03	1/6
INTERFERON_GAMMA_RESPONSE	0.12	0.08	1/12
ESTROGEN_RESPONSE_EARLY	0.13	0.09	4/12
REACTIVE_OXYGEN_SPECIES_PATHWAY	0.14	0.11	0/2
INTERFERON_ALPHA_RESPONSE	0.15	0.06	0/5
OXIDATIVE_PHOSPHORYLATION	0.15	0.07	0/11
MYC_TARGETS_V1	0.15	0.07	0/12
ANDROGEN_RESPONSE	0.15	0.10	1/6
PEROXISOME	0.15	0.10	1/6
PANCREAS_BETA_CELLS	0.16	0.02	0/2
PI3K_AKT_MTOR_SIGNALING	0.18	0.11	0/6
ESTROGEN_RESPONSE_LATE	0.18	0.10	0/12
COMPLEMENT	0.20	0.10	1/12
MTORC1_SIGNALING	0.20	0.12	1/12
TGF_BETA_SIGNALING	0.20	0.06	0/3
APOPTOSIS	0.22	0.09	0/9
KRAS_SIGNALING_DN	0.22	0.09	0/12
UV_RESPONSE_UP	0.22	0.11	1/9
HEME_METABOLISM	0.22	0.08	0/11
IL6_JAK_STAT3_SIGNALING	0.23	0.08	0/5
P53_PATHWAY	0.23	0.07	0/11
ANGIOGENESIS	0.23	0.05	0/2
MYC_TARGETS_V2	0.23	0.11	0/3
INFLAMMATORY_RESPONSE	0.24	0.09	0/12
XENOBIOTIC_METABOLISM	0.25	0.08	1/12
DNA_REPAIR	0.26	0.06	0/9
EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION	0.26	0.10	1/12
BILE_ACID_METABOLISM	0.27	0.17	4/7
HYPOXIA	0.27	0.07	0/11
TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB	0.28	0.08	1/12
APICAL_SURFACE	0.28	0.08	0/2
COAGULATION	0.29	0.06	0/8
GLYCOLYSIS	0.29	0.10	0/12
APICAL_JUNCTION	0.29	0.06	1/11
MYOGENESIS	0.29	0.09	1/12
FATTY_ACID_METABOLISM	0.29	0.11	1/9
ADIPOGENESIS	0.30	0.06	0/12
IL2_STAT5_SIGNALING	0.30	0.08	1/12
CHOLESTEROL_HOMEOSTASIS	0.30	0.09	1/4
KRAS_SIGNALING_UP	0.31	0.12	3/11
NOTCH_SIGNALING	0.33	0.12	1/2
WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING	0.33	0.05	0/2
UV_RESPONSE_DN	0.33	0.08	2/8
HEDGEHOG_SIGNALING	0.34	0.00	0/2
SPERMATOGENESIS	0.35	0.11	4/8
G2M_CHECKPOINT	0.36	0.13	5/11
E2F_TARGETS	0.39	0.12	8/12
MITOTIC_SPINDLE	0.40	0.09	8/12

This Feature Is Available To Subscribers Only