Table 2. Open in new tab Comparison...

Table 2.

Comparison between DeepPCT and existing methods on testing set.

Method	AUC	AUPR	MCC	F1
DeepPCTsite	0.684	0.130	0.129	0.171
DeepPCTsite^AF3	0.754	0.173	0.175	0.193
DeepPCTgraph	0.722	0.106	0.127	0.169
DeepPCTgraph^AF3	0.735	0.186	0.175	0.194
DeepPCTstr	0.754	0.127	0.156	0.197
DeepPCTstr^AF3	0.765	0.245	0.220	0.242
DeepPCTseq	0.733	0.238	0.209	0.167
DeepPCT	0.762	0.240	0.210	0.235
DeepPCT^AF3	0.777	0.278	0.245	0.258
PCTseq	0.664	0.182	0.123	0.168
PCTstr	0.676	0.137	0.132	0.172
PCTstr^AF3	0.655	0.125	0.152	0.191
PCTpred	0.680	0.165	0.154	0.195
PCTpred ^AF3	0.678	0.151	0.161	0.202
PTM-Xseq	0.688	0.166	0.233	0.252
PTM-Xstr	0.543	0.075	0.106	0.151
PTM-Xstr ^AF3	0.528	0.112	0.105	0.151
PTM-X	0.667	0.152	0.122	0.166
PTM-X ^AF3	0.671	0.156	0.126	0.167

Method	AUC	AUPR	MCC	F1
DeepPCTsite	0.684	0.130	0.129	0.171
DeepPCTsite^AF3	0.754	0.173	0.175	0.193
DeepPCTgraph	0.722	0.106	0.127	0.169
DeepPCTgraph^AF3	0.735	0.186	0.175	0.194
DeepPCTstr	0.754	0.127	0.156	0.197
DeepPCTstr^AF3	0.765	0.245	0.220	0.242
DeepPCTseq	0.733	0.238	0.209	0.167
DeepPCT	0.762	0.240	0.210	0.235
DeepPCT^AF3	0.777	0.278	0.245	0.258
PCTseq	0.664	0.182	0.123	0.168
PCTstr	0.676	0.137	0.132	0.172
PCTstr^AF3	0.655	0.125	0.152	0.191
PCTpred	0.680	0.165	0.154	0.195
PCTpred ^AF3	0.678	0.151	0.161	0.202
PTM-Xseq	0.688	0.166	0.233	0.252
PTM-Xstr	0.543	0.075	0.106	0.151
PTM-Xstr ^AF3	0.528	0.112	0.105	0.151
PTM-X	0.667	0.152	0.122	0.166
PTM-X ^AF3	0.671	0.156	0.126	0.167

AF3 denotes that AlphaFold3-based predicted structures were used.

PCTseq and PCTstr are the sequence and structure-based predictors of PCTpred, respectively.

PTM-Xseq and PTM-Xstr denote only using sequence and structural features of PTM-X, respectively.