Table 3. Open in new tab Performance of... | Oxford Academic

Table 3.

Open in new tab

Performance of GCI, CRAQ, and T2T-polish in evaluating simulated assembly issues in the Arabidopsis Col-CEN genome.^a

Run	Region	GCI			CRAQ			T2T-polish
Run	Region	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score
5 INSs + 5 DELs	Simple	1.00	1.00	1.00	0.50	0.66	0.57	1.00	0.82	0.90
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.25	0.33	0.29	1.00	0.50	0.67
	All	1.00	0.94	0.97	0.47	0.62	0.53	1.00	0.78	0.88
10 INSs + 10 DELs	Simple	0.98	0.98	0.98	0.57	0.58	0.58	1.00	0.91	0.95
	Complex	1.00	0.92	0.96	0.30	0.25	0.27	1.00	1.00	1.00
	All	0.98	0.97	0.97	0.55	0.54	0.54	1.00	0.92	0.96
20 INSs + 20 DELs	Simple	0.97	0.96	0.96	0.63	0.69	0.66	0.96	0.83	0.89
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.41	0.39	0.40	0.88	0.39	0.54
	All	0.97	0.92	0.94	0.61	0.66	0.63	0.95	0.79	0.86

Run	Region	GCI			CRAQ			T2T-polish
Run	Region	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score
5 INSs + 5 DELs	Simple	1.00	1.00	1.00	0.50	0.66	0.57	1.00	0.82	0.90
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.25	0.33	0.29	1.00	0.50	0.67
	All	1.00	0.94	0.97	0.47	0.62	0.53	1.00	0.78	0.88
10 INSs + 10 DELs	Simple	0.98	0.98	0.98	0.57	0.58	0.58	1.00	0.91	0.95
	Complex	1.00	0.92	0.96	0.30	0.25	0.27	1.00	1.00	1.00
	All	0.98	0.97	0.97	0.55	0.54	0.54	1.00	0.92	0.96
20 INSs + 20 DELs	Simple	0.97	0.96	0.96	0.63	0.69	0.66	0.96	0.83	0.89
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.41	0.39	0.40	0.88	0.39	0.54
	All	0.97	0.92	0.94	0.61	0.66	0.63	0.95	0.79	0.86

Best result for each run, region, and category is highlighted in bold.

Table 3.

Open in new tab

Performance of GCI, CRAQ, and T2T-polish in evaluating simulated assembly issues in the Arabidopsis Col-CEN genome.^a

Run	Region	GCI			CRAQ			T2T-polish
Run	Region	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score
5 INSs + 5 DELs	Simple	1.00	1.00	1.00	0.50	0.66	0.57	1.00	0.82	0.90
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.25	0.33	0.29	1.00	0.50	0.67
	All	1.00	0.94	0.97	0.47	0.62	0.53	1.00	0.78	0.88
10 INSs + 10 DELs	Simple	0.98	0.98	0.98	0.57	0.58	0.58	1.00	0.91	0.95
	Complex	1.00	0.92	0.96	0.30	0.25	0.27	1.00	1.00	1.00
	All	0.98	0.97	0.97	0.55	0.54	0.54	1.00	0.92	0.96
20 INSs + 20 DELs	Simple	0.97	0.96	0.96	0.63	0.69	0.66	0.96	0.83	0.89
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.41	0.39	0.40	0.88	0.39	0.54
	All	0.97	0.92	0.94	0.61	0.66	0.63	0.95	0.79	0.86

Run	Region	GCI			CRAQ			T2T-polish
Run	Region	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score	Precision	Recall	F1 score
5 INSs + 5 DELs	Simple	1.00	1.00	1.00	0.50	0.66	0.57	1.00	0.82	0.90
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.25	0.33	0.29	1.00	0.50	0.67
	All	1.00	0.94	0.97	0.47	0.62	0.53	1.00	0.78	0.88
10 INSs + 10 DELs	Simple	0.98	0.98	0.98	0.57	0.58	0.58	1.00	0.91	0.95
	Complex	1.00	0.92	0.96	0.30	0.25	0.27	1.00	1.00	1.00
	All	0.98	0.97	0.97	0.55	0.54	0.54	1.00	0.92	0.96
20 INSs + 20 DELs	Simple	0.97	0.96	0.96	0.63	0.69	0.66	0.96	0.83	0.89
	Complex	1.00	0.50	0.67	0.41	0.39	0.40	0.88	0.39	0.54
	All	0.97	0.92	0.94	0.61	0.66	0.63	0.95	0.79	0.86

Best result for each run, region, and category is highlighted in bold.