Table 1. Open in new tab Identification...

Nb. rare	Batch type	scCross	MNN	Seurat v3	Scanorama
20	Global	0.95	0.79	0.83	0.14	0.71	1.00	0.10	0.63	0.22	0.53
20	Gene-specific	0.97	0.98	0.46	0.23	0.52	0.47	0.16	0.84	0.43	0.51
20	Value-specific	0.96	0.98	0.87	0.07	0.16	0.31	1.00	0.35	0.66	0.39
12	Global	0.92	0.74	0.22	0.07	0.63	0.68	0.06	0.37	0.05	0.14
12	Gene-specific	0.90	0.72	0.32	0.21	0.47	0.34	0.08	0.46	0.10	0.26
12	Value-specific	0.92	0.82	0.81	0.05	0.12	0.47	0.95	0.37	0.08	0.14
6	Global	0.92	0.50	0.07	0.03	0.55	0.59	0.09	0.39	0.12	0.03
6	Gene-specific	0.92	0.56	0.14	0.06	0.60	0.62	0.09	0.23	0.04	0.05
6	Value-specific	0.93	0.80	0.26	0.02	0.60	0.59	0.20	0.35	0.08	0.05

Nb. rare	Batch type	scCross	MNN	Seurat v3	Scanorama
20	Global	0.95	0.79	0.83	0.14	0.71	1.00	0.10	0.63	0.22	0.53
20	Gene-specific	0.97	0.98	0.46	0.23	0.52	0.47	0.16	0.84	0.43	0.51
20	Value-specific	0.96	0.98	0.87	0.07	0.16	0.31	1.00	0.35	0.66	0.39
12	Global	0.92	0.74	0.22	0.07	0.63	0.68	0.06	0.37	0.05	0.14
12	Gene-specific	0.90	0.72	0.32	0.21	0.47	0.34	0.08	0.46	0.10	0.26
12	Value-specific	0.92	0.82	0.81	0.05	0.12	0.47	0.95	0.37	0.08	0.14
6	Global	0.92	0.50	0.07	0.03	0.55	0.59	0.09	0.39	0.12	0.03
6	Gene-specific	0.92	0.56	0.14	0.06	0.60	0.62	0.09	0.23	0.04	0.05
6	Value-specific	0.93	0.80	0.26	0.02	0.60	0.59	0.20	0.35	0.08	0.05

Table 1.

Identification results of rare Jurkat cells among 293 T cells with artificially created batch effects: average F₁ score over 10 independent runs.

Nb. rare	Batch type	scCross	MNN			Seurat v3			Scanorama
Nb. rare	Batch type	scCross	RaceID3	GiniClust3	scAIDE	RaceID3	GiniClust3	scAIDE	RaceID3	GiniClust3	scAIDE
20	Global	0.95	0.79	0.83	0.14	0.71	1.00	0.10	0.63	0.22	0.53
20	Gene-specific	0.97	0.98	0.46	0.23	0.52	0.47	0.16	0.84	0.43	0.51
20	Value-specific	0.96	0.98	0.87	0.07	0.16	0.31	1.00	0.35	0.66	0.39
12	Global	0.92	0.74	0.22	0.07	0.63	0.68	0.06	0.37	0.05	0.14
12	Gene-specific	0.90	0.72	0.32	0.21	0.47	0.34	0.08	0.46	0.10	0.26
12	Value-specific	0.92	0.82	0.81	0.05	0.12	0.47	0.95	0.37	0.08	0.14
6	Global	0.92	0.50	0.07	0.03	0.55	0.59	0.09	0.39	0.12	0.03
6	Gene-specific	0.92	0.56	0.14	0.06	0.60	0.62	0.09	0.23	0.04	0.05
6	Value-specific	0.93	0.80	0.26	0.02	0.60	0.59	0.20	0.35	0.08	0.05

Nb. rare	Batch type	scCross	MNN			Seurat v3			Scanorama
Nb. rare	Batch type	scCross	RaceID3	GiniClust3	scAIDE	RaceID3	GiniClust3	scAIDE	RaceID3	GiniClust3	scAIDE
20	Global	0.95	0.79	0.83	0.14	0.71	1.00	0.10	0.63	0.22	0.53
20	Gene-specific	0.97	0.98	0.46	0.23	0.52	0.47	0.16	0.84	0.43	0.51
20	Value-specific	0.96	0.98	0.87	0.07	0.16	0.31	1.00	0.35	0.66	0.39
12	Global	0.92	0.74	0.22	0.07	0.63	0.68	0.06	0.37	0.05	0.14
12	Gene-specific	0.90	0.72	0.32	0.21	0.47	0.34	0.08	0.46	0.10	0.26
12	Value-specific	0.92	0.82	0.81	0.05	0.12	0.47	0.95	0.37	0.08	0.14
6	Global	0.92	0.50	0.07	0.03	0.55	0.59	0.09	0.39	0.12	0.03
6	Gene-specific	0.92	0.56	0.14	0.06	0.60	0.62	0.09	0.23	0.04	0.05
6	Value-specific	0.93	0.80	0.26	0.02	0.60	0.59	0.20	0.35	0.08	0.05

Note: Bold results indicate which method outperforms the others for each experiment according to a paired t-test with significance threshold of 0.05 (multiple bold values for the same experiment indicates there is no significant difference between them).

This Feature Is Available To Subscribers Only