| . | . | . | . | . | . | . | rRNA genes . | Urease and cyanase-associated . | Marker proteins−anammox metabolism . | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SAG . | Comp . | Cont . | Heter . | ORFs . | Mbp . | Est Gen (Mbp) . | a5S . | a16S . | a23S . | bUreA . | bUreB . | bUreC . | bUreD . | bUreE . | bUreF . | bUreG . | cCynS . | cOcta HZO . | cHzsA . | cOcta Hao1 . | cOcta Hao2 . | cOcta Hao3 . | cOcta Hao4 . | cNirS . | cAmtB1 . | bAmtB2 . | cAmtB3 . |
| B14 | 31.0 | 3.5 | 50.0 | 700 | 0.74 | 2.40 | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − |
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| C14 | 12.3 | 1.8 | 100.0 | 745 | 0.62 | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − |
| C8 | 19.7 | 0.0 | 0.0 | 773 | 0.51 | 2.62 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
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| G15 | 28.6 | 3.9 | 40.0 | 1251 | 1.04 | 3.65 | − | − | − | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | − | + | − | − | − | 6 | − | + |
| H20 | 43.1 | 6.7 | 70.0 | 1104 | 0.98 | 2.28 | + | − | + | − | − | − | + | − | + | + | − | + | 2 | + | + | 2 | − | − | + | − | + |
| J11 | 20.5 | 1.8 | 33.3 | 581 | 0.43 | 2.11 | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
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| . | . | . | . | . | . | . | rRNA genes . | Urease and cyanase-associated . | Marker proteins−anammox metabolism . | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SAG . | Comp . | Cont . | Heter . | ORFs . | Mbp . | Est Gen (Mbp) . | a5S . | a16S . | a23S . | bUreA . | bUreB . | bUreC . | bUreD . | bUreE . | bUreF . | bUreG . | cCynS . | cOcta HZO . | cHzsA . | cOcta Hao1 . | cOcta Hao2 . | cOcta Hao3 . | cOcta Hao4 . | cNirS . | cAmtB1 . | bAmtB2 . | cAmtB3 . |
| B14 | 31.0 | 3.5 | 50.0 | 700 | 0.74 | 2.40 | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − |
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Comp genome completeness (%) estimated by CheckM
Cont genome contamination (%) estimated by CheckM
Heter strain heterogeneity index (range 1–100) estimated by CheckM
ORFs number of protein-coding open reading frames recovered per SAG
Mbp Mbp of contigs recovered per SAG
Est Gen estimated genome size based on estimated completeness and Mbp of SAG; done only for SAGs with completeness >20% and contamination <5%
Ure urease, UreA gamma subunit, UreB beta subunit, ureC alpha subunit
Cyn cyanate hydratase
Ure urease accesory proteins
Octa Octahaem
Hzo hydrazine oxidoreductase/dehydrogenase, S. profunda homolog scal03295
Hzs hydrazine synthase, S. profunda homolog scal01318
Hao hydroxylamine oxidoreductase. S. produnda Hao1 homolog 00421, S. profunda Hao2 homolog 01317, S. profunda Hao 3 homolog 02116, S. profunda homolog 4 04164
Amt ammonia transporter. S. profunda Amt1 homolog 00587, S. profunda Amt2 homolog 00591, S. profunda Amt3 homolog 00594
NirS cytochrome c nitrite reductase, S. profunda nirS homolog 02098
top BLASTN match to Brocadiales-affiliated homolog via queries against the SILVA database
top BLASTP match to non-Brocadiales via queries against the NCBI-nr database (i.e., homologs not detected in other Brocadiales)
top BLASTP match to Brocadiales-affiliated homolog via queries against the NCBI-nr database+publically available Brocadiales databases
| . | . | . | . | . | . | . | rRNA genes . | Urease and cyanase-associated . | Marker proteins−anammox metabolism . | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SAG . | Comp . | Cont . | Heter . | ORFs . | Mbp . | Est Gen (Mbp) . | a5S . | a16S . | a23S . | bUreA . | bUreB . | bUreC . | bUreD . | bUreE . | bUreF . | bUreG . | cCynS . | cOcta HZO . | cHzsA . | cOcta Hao1 . | cOcta Hao2 . | cOcta Hao3 . | cOcta Hao4 . | cNirS . | cAmtB1 . | bAmtB2 . | cAmtB3 . |
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| J11 | 20.5 | 1.8 | 33.3 | 581 | 0.43 | 2.11 | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
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| N13 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 234 | 0.19 | NA | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
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| N22 | 50.0 | 2.8 | 33.3 | 1637 | 1.25 | 2.50 | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + |
| . | . | . | . | . | . | . | rRNA genes . | Urease and cyanase-associated . | Marker proteins−anammox metabolism . | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SAG . | Comp . | Cont . | Heter . | ORFs . | Mbp . | Est Gen (Mbp) . | a5S . | a16S . | a23S . | bUreA . | bUreB . | bUreC . | bUreD . | bUreE . | bUreF . | bUreG . | cCynS . | cOcta HZO . | cHzsA . | cOcta Hao1 . | cOcta Hao2 . | cOcta Hao3 . | cOcta Hao4 . | cNirS . | cAmtB1 . | bAmtB2 . | cAmtB3 . |
| B14 | 31.0 | 3.5 | 50.0 | 700 | 0.74 | 2.40 | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − |
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Comp genome completeness (%) estimated by CheckM
Cont genome contamination (%) estimated by CheckM
Heter strain heterogeneity index (range 1–100) estimated by CheckM
ORFs number of protein-coding open reading frames recovered per SAG
Mbp Mbp of contigs recovered per SAG
Est Gen estimated genome size based on estimated completeness and Mbp of SAG; done only for SAGs with completeness >20% and contamination <5%
Ure urease, UreA gamma subunit, UreB beta subunit, ureC alpha subunit
Cyn cyanate hydratase
Ure urease accesory proteins
Octa Octahaem
Hzo hydrazine oxidoreductase/dehydrogenase, S. profunda homolog scal03295
Hzs hydrazine synthase, S. profunda homolog scal01318
Hao hydroxylamine oxidoreductase. S. produnda Hao1 homolog 00421, S. profunda Hao2 homolog 01317, S. profunda Hao 3 homolog 02116, S. profunda homolog 4 04164
Amt ammonia transporter. S. profunda Amt1 homolog 00587, S. profunda Amt2 homolog 00591, S. profunda Amt3 homolog 00594
NirS cytochrome c nitrite reductase, S. profunda nirS homolog 02098
top BLASTN match to Brocadiales-affiliated homolog via queries against the SILVA database
top BLASTP match to non-Brocadiales via queries against the NCBI-nr database (i.e., homologs not detected in other Brocadiales)
top BLASTP match to Brocadiales-affiliated homolog via queries against the NCBI-nr database+publically available Brocadiales databases
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