Table 1. Open in new tab List of...

Name

Purpose

Length (nt)

Sequence^a

JL-895

EMSA, Deamination

5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′

JL-913

Deamination

5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′

JL-935

EMSA, Deamination

5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TUA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′

JL-974

EMSA

5′-TTA TTA TTA TTA TTT CAT TTA TTT ATT TAT-3′

JL-975

EMSA

5′-ATT ATT ATT TCA TTT ATT TA-3′

JL-984

EMSA, Deamination

5′-TAA ATA AAT AAA TAA ATG AAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′

JL-986

EMSA, Deamination

5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA-3′

JL-987

EMSA

5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′

JL-988

EMSA, Deamination

5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TA-3′

JL1152

Deamination

5′-(Alexa488) ATT ATT ATT TCA TTT ATT TA-3′

JL1153

Deamination

5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA-3′

JL-1045

EMSA

5′-auu auu auu auu auu auu auu uca uuu auu uau uua uuu a-3′

JL-970

EMSA

5′-uaa aua aau aaa uaa aug aaa uaa uaa uaa uaa uaa uaa u-3′

JL1181

Deamination

5′-auu uca uuu-3′

JL-1088

Deamination

5′-TAA ATA AAT AAA TAA ATC AAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′

JL-1089

Deamination

5′-TAA ATA AAT AAA TAA AAC TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′

JL-1090

Deamination

5′-TAA ATA AAT AAA TAA TAC TTA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′

JL-1091

Deamination

5′-TAA ATA AAT AAA TTT TAC TTT AAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′

JL-1095

Deamination

5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATA CCC AAA ATT TAT TTA TTT A-3′

Table 1.

Open in new tab

List of oligonucleotides used for EMSA and deaminase assays

Name	Purpose	Length (nt)	Sequence^a
JL-895	EMSA, Deamination	40	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-913	Deamination	40	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-935	EMSA, Deamination	40	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TUA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-974	EMSA	30	5′-TTA TTA TTA TTA TTT CAT TTA TTT ATT TAT-3′
JL-975	EMSA	20	5′-ATT ATT ATT TCA TTT ATT TA-3′
JL-984	EMSA, Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA ATG AAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-986	EMSA, Deamination	60	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA-3′
JL-987	EMSA	70	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-988	EMSA, Deamination	80	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TA-3′
JL1152	Deamination	20	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT TCA TTT ATT TA-3′
JL1153	Deamination	60	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA-3′
JL-1045	EMSA	40	5′-auu auu auu auu auu auu auu uca uuu auu uau uua uuu a-3′
JL-970	EMSA	40	5′-uaa aua aau aaa uaa aug aaa uaa uaa uaa uaa uaa uaa u-3′
JL1181	Deamination	9	5′-auu uca uuu-3′
JL-1088	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA ATC AAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1089	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA AAC TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1090	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA TAC TTA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1091	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TTT TAC TTT AAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1095	Deamination	40	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATA CCC AAA ATT TAT TTA TTT A-3′

Name	Purpose	Length (nt)	Sequence^a
JL-895	EMSA, Deamination	40	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-913	Deamination	40	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-935	EMSA, Deamination	40	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TUA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-974	EMSA	30	5′-TTA TTA TTA TTA TTT CAT TTA TTT ATT TAT-3′
JL-975	EMSA	20	5′-ATT ATT ATT TCA TTT ATT TA-3′
JL-984	EMSA, Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA ATG AAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-986	EMSA, Deamination	60	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA-3′
JL-987	EMSA	70	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA TTT A-3′
JL-988	EMSA, Deamination	80	5′-ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TA-3′
JL1152	Deamination	20	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT TCA TTT ATT TA-3′
JL1153	Deamination	60	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TCA TTT ATT TAT TTA TTT ATT TAT TTA-3′
JL-1045	EMSA	40	5′-auu auu auu auu auu auu auu uca uuu auu uau uua uuu a-3′
JL-970	EMSA	40	5′-uaa aua aau aaa uaa aug aaa uaa uaa uaa uaa uaa uaa u-3′
JL1181	Deamination	9	5′-auu uca uuu-3′
JL-1088	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA ATC AAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1089	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA AAC TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1090	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TAA TAC TTA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1091	Deamination	40	5′-TAA ATA AAT AAA TTT TAC TTT AAA TAA TAA TAA TAA TAA T-3′
JL-1095	Deamination	40	5′-(Alexa488) ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATA CCC AAA ATT TAT TTA TTT A-3′

^aUpper and lower case letters represent DNA and RNA oligonucleotides, respectively.

This Feature Is Available To Subscribers Only