Table 4 Open in new tab Associations...

Variable	Chr.	SNP	allele	Phenotypical ranges	P-value
NPH	IV	AAG	T1	0.32	0.17	0.13	0.00	7.18E−76
GGA	T2	0.18	0.33	0.37	0.50	2.13E−21
AAA	C1	0.28	0.31	0.30	0.21	1.23E−45
GGG	C2	0.22	0.19	0.20	0.29	1.01E−38
		0.5–1.0	1.0–1.5	1.5–2.0	2.0–2.5
DBW	IV	AAG	T1	0.05	0.19	0.35	0.50	1.77E−37
GGA	T2	0.45	0.31	0.15	0.00	1.30E−52
AAA	C1	0.23	0.29	0.28	0.30	2.22E−42
GGG	C2	0.27	0.21	0.22	0.20	1.98E−30
		22–486	486–972	972–1458	1458–1944
Yield	IV	AAG	T1	0.28	0.14	–	–	3.34E−126
GGA	T2	0.21	0.38	0.44	0.50	4.71E−70
AAA	C1	0.29	0.26	0.19	0.50	3.52E−116
GGG	C2	0.21	0.21	0.31	–	8.70E−81
		11–23	23–35	35–47	47–60
PI	IV	AAG	T1	0.29	0.18	0.25	0.50	1.08E−76
GGA	T2	0.21	0.32	0.25	0.00	3.70E−47
AAA	C1	0.28	0.30	0.38	0.25	8.57E−64
GGG	C2	0.22	0.20	0.13	0.25	8.71E−55
		11–23	23–35	35–47	47–60
PI	II	G	T1	0.29	0.22	0.13	0.00	3.11E−74
A	T2	0.21	0.28	0.38	0.50	1.71E−46
G	C1	0.29	0.15	0.25	0.00	5.20E−81
A	C2	0.21	0.35	0.25	0.50	1.15E−46

Variable

Chr.

SNP

allele

Phenotypical ranges

P-value

1–3

3–5

5–7

7–10

NPH

AAG

0.32

0.17

0.13

0.00

7.18E−76

GGA

0.18

0.33

0.37

0.50

2.13E−21

AAA

0.28

0.31

0.30

0.21

1.23E−45

GGG

0.22

0.19

0.20

0.29

1.01E−38

0.5–1.0

1.0–1.5

1.5–2.0

2.0–2.5

DBW

AAG

0.05

0.19

0.35

0.50

1.77E−37

GGA

0.45

0.31

0.15

0.00

1.30E−52

AAA

0.23

0.29

0.28

0.30

2.22E−42

GGG

0.27

0.21

0.22

0.20

1.98E−30

22–486

486–972

972–1458

1458–1944

Yield

AAG

0.28

0.14

–

3.34E−126

GGA

0.21

0.38

0.44

0.50

4.71E−70

AAA

0.29

0.26

0.19

0.50

3.52E−116

GGG

0.21

0.31

–

8.70E−81

11–23

23–35

35–47

47–60

AAG

0.29

0.18

0.25

0.50

1.08E−76

GGA

0.21

0.32

0.25

0.00

3.70E−47

AAA

0.28

0.30

0.38

0.25

8.57E−64

GGG

0.22

0.20

0.13

0.25

8.71E−55

11–23

23–35

35–47

47–60

0.29

0.22

0.13

0.00

3.11E−74

0.21

0.28

0.38

0.50

1.71E−46

0.29

0.15

0.25

0.00

5.20E−81

0.21

0.35

0.25

0.50

1.15E−46

Variable	Chr.	SNP	allele	Phenotypical ranges	P-value
NPH	IV	AAG	T1	0.32	0.17	0.13	0.00	7.18E−76
GGA	T2	0.18	0.33	0.37	0.50	2.13E−21
AAA	C1	0.28	0.31	0.30	0.21	1.23E−45
GGG	C2	0.22	0.19	0.20	0.29	1.01E−38
		0.5–1.0	1.0–1.5	1.5–2.0	2.0–2.5
DBW	IV	AAG	T1	0.05	0.19	0.35	0.50	1.77E−37
GGA	T2	0.45	0.31	0.15	0.00	1.30E−52
AAA	C1	0.23	0.29	0.28	0.30	2.22E−42
GGG	C2	0.27	0.21	0.22	0.20	1.98E−30
		22–486	486–972	972–1458	1458–1944
Yield	IV	AAG	T1	0.28	0.14	–	–	3.34E−126
GGA	T2	0.21	0.38	0.44	0.50	4.71E−70
AAA	C1	0.29	0.26	0.19	0.50	3.52E−116
GGG	C2	0.21	0.21	0.31	–	8.70E−81
		11–23	23–35	35–47	47–60
PI	IV	AAG	T1	0.29	0.18	0.25	0.50	1.08E−76
GGA	T2	0.21	0.32	0.25	0.00	3.70E−47
AAA	C1	0.28	0.30	0.38	0.25	8.57E−64
GGG	C2	0.22	0.20	0.13	0.25	8.71E−55
		11–23	23–35	35–47	47–60
PI	II	G	T1	0.29	0.22	0.13	0.00	3.11E−74
A	T2	0.21	0.28	0.38	0.50	1.71E−46
G	C1	0.29	0.15	0.25	0.00	5.20E−81
A	C2	0.21	0.35	0.25	0.50	1.15E−46

Table 4

Open in new tab

Associations between the parental haplotypes (T1, T2, C1, and C2) on chromosomes IV (Tcm004s00289192, Tcm004s00615809, and Tcm004s01127580) and II (Tcm002s23708704) and the relative frequency for each phenotypical class evaluated

Variable	Chr.	SNP	allele	Phenotypical ranges				P-value
				1–3	3–5	5–7	7–10
NPH	IV	AAG	T1	0.32	0.17	0.13	0.00	7.18E−76
		GGA	T2	0.18	0.33	0.37	0.50	2.13E−21
		AAA	C1	0.28	0.31	0.30	0.21	1.23E−45
		GGG	C2	0.22	0.19	0.20	0.29	1.01E−38
				0.5–1.0	1.0–1.5	1.5–2.0	2.0–2.5
DBW	IV	AAG	T1	0.05	0.19	0.35	0.50	1.77E−37
		GGA	T2	0.45	0.31	0.15	0.00	1.30E−52
		AAA	C1	0.23	0.29	0.28	0.30	2.22E−42
		GGG	C2	0.27	0.21	0.22	0.20	1.98E−30
				22–486	486–972	972–1458	1458–1944
Yield	IV	AAG	T1	0.28	0.14	–	–	3.34E−126
		GGA	T2	0.21	0.38	0.44	0.50	4.71E−70
		AAA	C1	0.29	0.26	0.19	0.50	3.52E−116
		GGG	C2	0.21	0.21	0.31	–	8.70E−81
				11–23	23–35	35–47	47–60
PI	IV	AAG	T1	0.29	0.18	0.25	0.50	1.08E−76
		GGA	T2	0.21	0.32	0.25	0.00	3.70E−47
		AAA	C1	0.28	0.30	0.38	0.25	8.57E−64
		GGG	C2	0.22	0.20	0.13	0.25	8.71E−55
				11–23	23–35	35–47	47–60
PI	II	G	T1	0.29	0.22	0.13	0.00	3.11E−74
		A	T2	0.21	0.28	0.38	0.50	1.71E−46
		G	C1	0.29	0.15	0.25	0.00	5.20E−81
		A	C2	0.21	0.35	0.25	0.50	1.15E−46

Variable	Chr.	SNP	allele	Phenotypical ranges				P-value
				1–3	3–5	5–7	7–10
NPH	IV	AAG	T1	0.32	0.17	0.13	0.00	7.18E−76
		GGA	T2	0.18	0.33	0.37	0.50	2.13E−21
		AAA	C1	0.28	0.31	0.30	0.21	1.23E−45
		GGG	C2	0.22	0.19	0.20	0.29	1.01E−38
				0.5–1.0	1.0–1.5	1.5–2.0	2.0–2.5
DBW	IV	AAG	T1	0.05	0.19	0.35	0.50	1.77E−37
		GGA	T2	0.45	0.31	0.15	0.00	1.30E−52
		AAA	C1	0.23	0.29	0.28	0.30	2.22E−42
		GGG	C2	0.27	0.21	0.22	0.20	1.98E−30
				22–486	486–972	972–1458	1458–1944
Yield	IV	AAG	T1	0.28	0.14	–	–	3.34E−126
		GGA	T2	0.21	0.38	0.44	0.50	4.71E−70
		AAA	C1	0.29	0.26	0.19	0.50	3.52E−116
		GGG	C2	0.21	0.21	0.31	–	8.70E−81
				11–23	23–35	35–47	47–60
PI	IV	AAG	T1	0.29	0.18	0.25	0.50	1.08E−76
		GGA	T2	0.21	0.32	0.25	0.00	3.70E−47
		AAA	C1	0.28	0.30	0.38	0.25	8.57E−64
		GGG	C2	0.22	0.20	0.13	0.25	8.71E−55
				11–23	23–35	35–47	47–60
PI	II	G	T1	0.29	0.22	0.13	0.00	3.11E−74
		A	T2	0.21	0.28	0.38	0.50	1.71E−46
		G	C1	0.29	0.15	0.25	0.00	5.20E−81
		A	C2	0.21	0.35	0.25	0.50	1.15E−46

Phenotypical ranges were defined based on the average data for each variable

This Feature Is Available To Subscribers Only