Table 1.
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Individual-Level Surveillance Drug Resistance Mutations and Predicted Drug Resistancea

SpecimensSDRMsResistance to DrugNo. of Sequences (Detection Limit, %)No. of Sequences with Linked SDRMs
1133PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4675PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		9 (11.1)1: M46I (PI) and G180E (NNRTI)
1430PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		6 (16.7)6: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4241PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		7 (14.3)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
1599PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		5 (20.0)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
9544PI: M46I;
NRTI: none; NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		2 (50.0)1: M46I (PI) and G190E (NNRTI)
1153PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
8499PI: I47V;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: FPV/r(i), TPV/r(i), IDV/r(l), LPV/r(l), NFV(l), DRV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		8 (12.5)none
6791PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		3 (33.3)none
9430PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(g), ETR(g), RPV(g), and NVP(g);
INSTI: none		10 (10.0)none
6979PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		7 (14.3)none
0188PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		7 (14.3)none
6320PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		5 (20.0)none
2154PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: K103N;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h) and NVP(h);
INSTI: none		8 (12.5)none
7383PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		12 (8.3)none
1571PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		13 (7.7)none
5309PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		12 (8.3)none
1320NoneNone8 (12.5)none
7044NoneNone12 (8.3)none
7572NoneNone9 (11.1)none
9435NoneNone5 (20.0)none
8069NoneNone5 (20.0)none
5931NoneNone2 (50.0)none
8557NoneNone7 (14.3)none
8737NoneNone5 (20.0)none
9011NoneNone2 (50.0)none
5337NoneNone4 (25.0)none
1971NoneNone4 (25.0)none
1789NoneNone2 (50.0)none
1897NoneNone3 (33.3)none
1988NoneNone8 (12.5)none
7034NoneNone7 (14.3)none
2164NoneNone1 (100)none
2472NoneNone6 (16.7)none
2529NoneNone4 (25.0)none
2778NoneNone6 (16.7)none
2982NoneNone 2 (50.0)none
4082NoneNone 3 (33.3)none
SpecimensSDRMsResistance to DrugNo. of Sequences (Detection Limit, %)No. of Sequences with Linked SDRMs
1133PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4675PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		9 (11.1)1: M46I (PI) and G180E (NNRTI)
1430PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		6 (16.7)6: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4241PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		7 (14.3)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
1599PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		5 (20.0)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
9544PI: M46I;
NRTI: none; NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		2 (50.0)1: M46I (PI) and G190E (NNRTI)
1153PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
8499PI: I47V;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: FPV/r(i), TPV/r(i), IDV/r(l), LPV/r(l), NFV(l), DRV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		8 (12.5)none
6791PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		3 (33.3)none
9430PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(g), ETR(g), RPV(g), and NVP(g);
INSTI: none		10 (10.0)none
6979PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		7 (14.3)none
0188PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		7 (14.3)none
6320PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		5 (20.0)none
2154PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: K103N;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h) and NVP(h);
INSTI: none		8 (12.5)none
7383PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		12 (8.3)none
1571PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		13 (7.7)none
5309PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		12 (8.3)none
1320NoneNone8 (12.5)none
7044NoneNone12 (8.3)none
7572NoneNone9 (11.1)none
9435NoneNone5 (20.0)none
8069NoneNone5 (20.0)none
5931NoneNone2 (50.0)none
8557NoneNone7 (14.3)none
8737NoneNone5 (20.0)none
9011NoneNone2 (50.0)none
5337NoneNone4 (25.0)none
1971NoneNone4 (25.0)none
1789NoneNone2 (50.0)none
1897NoneNone3 (33.3)none
1988NoneNone8 (12.5)none
7034NoneNone7 (14.3)none
2164NoneNone1 (100)none
2472NoneNone6 (16.7)none
2529NoneNone4 (25.0)none
2778NoneNone6 (16.7)none
2982NoneNone 2 (50.0)none
4082NoneNone 3 (33.3)none

Abbreviations: ATV/r, atazanavir/ritonavir; DOR, doravirine; DRV/r, darunavir/ritonavir; ETR, etravirine; EFV, efavirenz; EVG, elvitegravir; FPV/r, fosamprenavir/ritonavir; IDV/r, indinavir/ritonavir; INSTI, integrase strand transfer inhibitor; LPV/r, lopinavir/ritonavir; NFV, nelfinavir; NNRTI, nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitor; NRTI, nucleoside reverse-transcriptase inhibitor; NVP, nevirapine; PI, protease inhibitor; RAL, raltegravir; RPV, rilpivirine; SDRM, surveillance drug resistance mutation; SQV/r, saquinavir/ritonavir; TPV/r, tipranavir/ritonavir.

aListed are each specimen’s SDRMs and predicted drug resistance conferred by SDRMs and non-SDRMs from the Stanford University HIV Drug Resistance Database, along with the number of each specimen’s full-length pol gene consensus sequences. High-level resistance (h), intermediate-level resistance (i), low-level resistance (l), potential low-level resistance (p). The number of sequences and type of linked mutations are also provided when present.

Table 1.
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Individual-Level Surveillance Drug Resistance Mutations and Predicted Drug Resistancea

SpecimensSDRMsResistance to DrugNo. of Sequences (Detection Limit, %)No. of Sequences with Linked SDRMs
1133PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4675PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		9 (11.1)1: M46I (PI) and G180E (NNRTI)
1430PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		6 (16.7)6: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4241PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		7 (14.3)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
1599PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		5 (20.0)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
9544PI: M46I;
NRTI: none; NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		2 (50.0)1: M46I (PI) and G190E (NNRTI)
1153PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
8499PI: I47V;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: FPV/r(i), TPV/r(i), IDV/r(l), LPV/r(l), NFV(l), DRV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		8 (12.5)none
6791PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		3 (33.3)none
9430PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(g), ETR(g), RPV(g), and NVP(g);
INSTI: none		10 (10.0)none
6979PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		7 (14.3)none
0188PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		7 (14.3)none
6320PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		5 (20.0)none
2154PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: K103N;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h) and NVP(h);
INSTI: none		8 (12.5)none
7383PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		12 (8.3)none
1571PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		13 (7.7)none
5309PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		12 (8.3)none
1320NoneNone8 (12.5)none
7044NoneNone12 (8.3)none
7572NoneNone9 (11.1)none
9435NoneNone5 (20.0)none
8069NoneNone5 (20.0)none
5931NoneNone2 (50.0)none
8557NoneNone7 (14.3)none
8737NoneNone5 (20.0)none
9011NoneNone2 (50.0)none
5337NoneNone4 (25.0)none
1971NoneNone4 (25.0)none
1789NoneNone2 (50.0)none
1897NoneNone3 (33.3)none
1988NoneNone8 (12.5)none
7034NoneNone7 (14.3)none
2164NoneNone1 (100)none
2472NoneNone6 (16.7)none
2529NoneNone4 (25.0)none
2778NoneNone6 (16.7)none
2982NoneNone 2 (50.0)none
4082NoneNone 3 (33.3)none
SpecimensSDRMsResistance to DrugNo. of Sequences (Detection Limit, %)No. of Sequences with Linked SDRMs
1133PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4675PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		9 (11.1)1: M46I (PI) and G180E (NNRTI)
1430PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		6 (16.7)6: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
4241PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		7 (14.3)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
1599PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		5 (20.0)2: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
9544PI: M46I;
NRTI: none; NNRTI: G190E;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h), RPV(h), DOR(h), NVP(h), and ETR(i);
INSTI: none		2 (50.0)1: M46I (PI) and G190E (NNRTI)
1153PI: L90M;
NRTI: none;
NNRTI: Y181C;
INTSI: none		PI: NFV(h), IDV/r(i), SQV/r(i), FPV/r(l), LPV/r(l), and ATV/r(l);
NRTI: none;
NNRTI: NVP(h), RPV(h), EFV(i), ETR(i), and DOR(i);
INSTI: none		10 (10.0)1: L90M (PI) and Y181C (NNRTI)
8499PI: I47V;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: FPV/r(i), TPV/r(i), IDV/r(l), LPV/r(l), NFV(l), DRV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		8 (12.5)none
6791PI: M46I;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: NFV(i), IDV/r(p), FPV/r(p), LPV/r(p), SQV/r(p), and ATV/r(p);
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: none		3 (33.3)none
9430PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(g), ETR(g), RPV(g), and NVP(g);
INSTI: none		10 (10.0)none
6979PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		7 (14.3)none
0188PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		7 (14.3)none
6320PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		5 (20.0)none
2154PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: K103N;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: EFV(h) and NVP(h);
INSTI: none		8 (12.5)none
7383PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		12 (8.3)none
1571PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: RVP(l) and ETR(p);
INSTI: none		13 (7.7)none
5309PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INTSI: none		PI: none;
NRTI: none;
NNRTI: none;
INSTI: RAL(p) and EVG(p)		12 (8.3)none
1320NoneNone8 (12.5)none
7044NoneNone12 (8.3)none
7572NoneNone9 (11.1)none
9435NoneNone5 (20.0)none
8069NoneNone5 (20.0)none
5931NoneNone2 (50.0)none
8557NoneNone7 (14.3)none
8737NoneNone5 (20.0)none
9011NoneNone2 (50.0)none
5337NoneNone4 (25.0)none
1971NoneNone4 (25.0)none
1789NoneNone2 (50.0)none
1897NoneNone3 (33.3)none
1988NoneNone8 (12.5)none
7034NoneNone7 (14.3)none
2164NoneNone1 (100)none
2472NoneNone6 (16.7)none
2529NoneNone4 (25.0)none
2778NoneNone6 (16.7)none
2982NoneNone 2 (50.0)none
4082NoneNone 3 (33.3)none

Abbreviations: ATV/r, atazanavir/ritonavir; DOR, doravirine; DRV/r, darunavir/ritonavir; ETR, etravirine; EFV, efavirenz; EVG, elvitegravir; FPV/r, fosamprenavir/ritonavir; IDV/r, indinavir/ritonavir; INSTI, integrase strand transfer inhibitor; LPV/r, lopinavir/ritonavir; NFV, nelfinavir; NNRTI, nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitor; NRTI, nucleoside reverse-transcriptase inhibitor; NVP, nevirapine; PI, protease inhibitor; RAL, raltegravir; RPV, rilpivirine; SDRM, surveillance drug resistance mutation; SQV/r, saquinavir/ritonavir; TPV/r, tipranavir/ritonavir.

aListed are each specimen’s SDRMs and predicted drug resistance conferred by SDRMs and non-SDRMs from the Stanford University HIV Drug Resistance Database, along with the number of each specimen’s full-length pol gene consensus sequences. High-level resistance (h), intermediate-level resistance (i), low-level resistance (l), potential low-level resistance (p). The number of sequences and type of linked mutations are also provided when present.

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